Zirconium-indeholdende naturligt silikat ZrSiO4, kendt som zircon eller hyacint, er vidt udbredt i naturen og kan prale af en række smukke farver lige fra orange til rød. Det er blevet betragtet som en ædelsten siden oldtiden. Ordet "zirkon" siges at stamme fra det arabiske ord "zarqūn", der betyder cinnober, eller fra det persiske ord "zargun", der betyder guld. "Hyacint" kommer fra det græske ord for "lilje". Sri Lanka, en ø-nation i Det Indiske Ocean, er rig på zirkon. Ædelstene, der indeholder zirkon, i form af zirkon, har været kendt siden oldtiden.
I 1789 opdagede den tyske MH Klaproth, mens han studerede zirkon, at ved at fusionere det med natriumhydroxid, opløse det afkølede stof i saltsyre, tilsætte kaliumcarbonat til opløsningen, udfælde det, filtrere og vaske bundfaldet, derefter koge bundfaldet med svovlsyre, så fandt han ingen oxider af silicium eller magnesium, og der blev ikke fundet calcium, calcium og luminium. oxider i filtratet. Efter tilsætning af kaliumcarbonat til opløsningen fremkom et bundfald. Dette bundfald opløstes ikke i alkaliske opløsninger som aluminiumoxid, og det reagerede heller ikke med syrer som magnesiumoxid. Klaproth konkluderede, at dette bundfald var ulig noget tidligere kendt oxid og var sammensat af zirkon (tysk for zirkon). Kort efter bekræftede de franske kemikere de Morueau og Vauquelin, at MH Klaproths analyse var korrekt. Elementets latinske navn er Zirconium, symbol Zr, oversat som zirconium på kinesisk.
I 1808 forsøgte H. Davy fra England at nedbryde zirconiumforbindelser ved hjælp af en elektrisk strøm, men det lykkedes ikke. I 1824 producerede JJ Berzelius fra Sverige først metallisk zirconium ved at reducere K₂ZrF₆ med kalium, men det var ikke rent nok. Reaktionsformlen er: K₂ZrF₆ + 4K=Zr + 6KF. Denne reaktion kan også bruge natrium som et reduktionsmiddel. Det var først i 1914, at to forskere, Lely og Ham bruger, hos en hollandsk metalglødelampeproducent, opnåede rent metallisk zirconium ved at placere vandfrit zirconiumtetrachlorid og overskydende metallisk natrium i en hul kugle og opvarme det til 500 grader ved hjælp af en elektrisk strøm.
Helt rent zirconium blev først fremstillet i 1925 af de hollandske kemikere Anton Eduard van Arkel og Jan Hendrik de Boer ved at nedbryde zirconiumtetraiodid (ZrI₄). Derefter masseproduceres zirconium-ved at opvarme zirconiumtetrachlorid med magnesium.
